中铁上海设计院集团有限公司南京设计院（简称南京院），是一家历史较长，重组而成的企业。前身是南京铁路勘测设计院，始建于1981年，2008年12月25日，从上海铁路局剥离，整体划入中铁上海设计院集团有限公司，组建成南京院，并于2009年3月16日挂牌成立，作为集团公司的分公司，自主经营、自我发展。

共享铁道行业甲（I）级，市政行业（道路工程、桥梁工程、城市隧道工程、轨道交通工程）专业甲级，建筑行业（建筑工程）甲级，公路行业（特大桥桥梁）专业甲级，环境工程（水污染防治工程、物理污染防治工程）专项甲级，工程勘察综合类甲级，工程测量甲级，工程咨询甲级（铁道、城市轨道交通、建筑、市政公用工程），工程监理甲级（铁路、市政），工程监理乙级（房屋建筑、市政公用工程），公路行业（公路）专业乙级，电子通信广电行业（有线通信）专业乙级，城乡规划编制乙级等资质证书。

设有线站、路基、道路、桥桥梁、建筑、结构、通信、信号、电力、给排水、工经等10余个专业，主要从事铁路、轨道交通、市政领域的工程勘察设计、总承包、技术咨询等业务。自成立以来，南京院坚持以生产经营及效益为中心，以质量服务为前提、积极开拓市场，努力打造市政、铁路、建筑和总承包四个业务板块。